O Programa de Doutoramento consiste em 14 unidades curriculares e tem a duração normal de 8 semestres.

Os três primeiros semestres correspondem a 12 unidades curriculares de natureza mais lectiva, que iniciam os estudos de nível avançado e colocam o doutorando na fronteira da respectiva àrea de especialização.

No quarto semestre inicia-se a investigação conducente à elaboração da Tese de Doutoramento, através da frequência de um Seminário sobre técnicas de pesquisa e escrita científica e do primeiro semestre de elaboração do Projecto de Tese, já sob supervisão de um ou mais orientadores.

No quinto semestre o doutorando assiste a Seminários de investigação apresentados por colegas de semestres subsequentes do Programa, professores e investigadores, bem como conclui o Projecto de Tese, a ser defendido perante um júri.

Entre o sexto e o oitavo semestre o doutorando com classificação satisfatória nas unidades curriculares anteriores elabora a respectiva Tese de Doutoramento, continuando, numa primeira fase (sexto semestre) a assistir a Seminários de investigação e, numa segunda fase, apresentando os resultados da sua própria investigação em Seminários.

O grau de Doutor em Economia pela Universidade do Porto é conferido mediante aprovação em provas públicas de defesa da tese, a qual ocorrerá após uma defesa intercalar da tese.

Para enquadrar a escolha das unidades curriculares de especialização, bem assim como para aconselhamento individualizado sobre o andamento dos estudos, cada doutorando é acompanhado, até à nomeação do(s) orientador(es), por um dos membros da Comissão Científica do Programa. Depois de definida a orientação da Tese, o acompanhamento dos trabalhos passa a estar a cargo do(s) orientador(es).